후지와라 가마타리의 사저였던 야마시나데라로서 야마시로노쿠니·야마시나스에하라에 세워진 것이 시작이며, 와도 3(710)년에 헤이조쿄 천도에 따라 후지와라 후히토의 계획으로 현재의 위치로 옮겨져 '고후쿠지'로 이름을 바꾸었다.
나라 시대에는 4대 사찰, 헤이안 시대에는 7대 사찰의 하나로 번영했지만, 1180년 다이라노 시게히라의 난토 소실로 대부분이 불탔다. 가마쿠라 시대에 복구되었으나, 그 후에도 피해와 재건을 반복했고, 에도 시대에 들어 교호 2(1717)년의 화재로 북엔도, 도콘도, 오층탑, 삼층탑, 지키도 외의 중심 가람을 잃었다. 이후 점차 복구가 진행되어 2018년에는 주콘도가 약 300년 만에 복원되었다.
경내에는 가마쿠라 시대에 재건된 북엔도를 비롯해 무로마치 시대에 재건된 오층탑과 도콘도 등 국보 건축물과 에도 시대에 재건된 난엔도 등의 중요문화재가 늘어서 있다. 또한 국보관에는 아수라상을 비롯한 건칠 팔부중 입상 등 국보로 지정된 사보를 안치하고 있다. 많은 사보와 문화재를 볼 수 있다.